Die Orgel der St. Nicolai Kirche besteht aus einem alten und einem neuen Werk. Das alte Werk, jetzt Rückpositiv, wurde als selbstständige Barockorgel 1735 von Heinrich Klapmeyer (Glückstadt), einem Schüler Arp Schnitgers, gebaut.

1955 erweiterte die Orgelbaufirma Rudolf von Beckerath (Hamburg) das Instrument um ein neues Hauptwerk mit Pedal. Verwendet wurden alte Pfeifen und Windladen.

Durch die Ergänzung wurde eine Orgel geschaffen, auf der sich besonders gut Werke alter Meister und Johann Sebastian Bachs darstellen lassen.

Die Orgel hat insgesamt 25 Register, einen Zimbelstern und drei Koppeln (HW-Pedal, RP-Pedal, RP-HW). Sie ist vollmechanisch.